背景^[1-6]

SNP檢測(cè)服務(wù)是檢測(cè)染色體基因組中單個(gè)核苷酸的突變而引起的DNA序列的多態(tài)性的技術(shù)服務(wù)，SNP以單個(gè)堿基的顛換、轉(zhuǎn)換、插入和缺失等形式存在。作為第三代分子標(biāo)記，SNP標(biāo)記具有很大的發(fā)展?jié)摿?，被廣泛應(yīng)用于生物、農(nóng)學(xué)、醫(yī)學(xué)、生物進(jìn)化等眾多領(lǐng)域，在分子遺傳學(xué)、藥物遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用。

SNP主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。與其它分子標(biāo)記相比，SNP分辨率最高也最為豐富，覆蓋基因組范圍大，遺傳上比較穩(wěn)定，在人類基因組中，估計(jì)平均每1000個(gè)堿基對(duì)就有1個(gè)SNP，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)300萬個(gè)甚至更多，是繼微衛(wèi)星之后的第三代遺傳標(biāo)記。

SNP的分布不均勻，非轉(zhuǎn)錄序列中要多于轉(zhuǎn)錄序列，絕大多數(shù)位于蛋白的非編碼區(qū)。通常情況下是一種二等位基因的變異，多為轉(zhuǎn)換，即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基，或一種嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基，轉(zhuǎn)換與顛換之比為2：1。SNP在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多是C→T，因?yàn)镃G中C即胞嘧啶常為甲基化的，自發(fā)脫氨后即變?yōu)樾叵汆奏ぁ?/p>

服務(wù)類型：

1.Taqman探針法(定性)

Taqman探針法(定性)的技術(shù)基礎(chǔ)是熒光定量PCR，針對(duì)染色體上的不同SNP位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)PCR引物和PCR擴(kuò)增。該方法不僅可以檢測(cè)某個(gè)樣本的基因型，還可以通過軟件分析出不同基因型在所有樣本中的分布圖。這種方法可以直接在實(shí)驗(yàn)結(jié)果中讀出每個(gè)樣本中SNP的基因型（純合子XX或YY，雜合子XY)，不需要再對(duì)序列進(jìn)行分析，具有直觀性。Taqman探針法通常用于少量SNP位點(diǎn)分析，具有成本低、速度快的優(yōu)點(diǎn)。

2.SNaPshot法測(cè)SNP

SNaPshot的原理就是只延長(zhǎng)了一個(gè)堿基的熒光法BigDye測(cè)序，該方法在設(shè)計(jì)引物時(shí)，把不同位置的引物設(shè)計(jì)成不同的長(zhǎng)度，然后進(jìn)行SNaPshot反應(yīng)后，最后產(chǎn)物通過電泳分離、五色熒光檢測(cè)、Gene mapper分析，可在一次電泳膠內(nèi)檢測(cè)多個(gè)SNP位點(diǎn)。該方法主要針對(duì)中等通量的SNP分型項(xiàng)目，通常用于10-30個(gè)SNP位點(diǎn)分析。

3.MassARRAy法（定量、多位點(diǎn)、高通量）

Sequenom公司的MassArray質(zhì)譜系統(tǒng)在SNP分型市場(chǎng)上占有重要地位，是目前市場(chǎng)上擁有最高性價(jià)比的中高通量SNP分型檢測(cè)系統(tǒng)，通過激光激發(fā)DNA分子片段，再用飛行時(shí)間來判斷片段分子量的大小。該方法已經(jīng)廣泛地應(yīng)用于遺傳突變檢測(cè)、SNP分型，是目前唯一采用質(zhì)譜法進(jìn)行直接檢測(cè)的設(shè)備。MassARRAy法實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)靈活，分型結(jié)果準(zhǔn)確性高，性價(jià)比高?？蓪?duì)數(shù)百至數(shù)千份樣本檢測(cè)，樣本通量從幾百到幾萬。是中高通量SNP分型服務(wù)性價(jià)比的分型方法，適用于GWAS實(shí)驗(yàn)后續(xù)驗(yàn)證以及關(guān)聯(lián)分析。

4.Illumina BeadXpress法

采用Illumina公司的BeadXpress系統(tǒng)進(jìn)行批量SNP位點(diǎn)檢測(cè)，可以同時(shí)檢測(cè)1-384個(gè)SNP位點(diǎn)，往往用于基因組芯片結(jié)果確認(rèn)，適合高通量檢測(cè)。微珠芯片具有高密度、高重復(fù)性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點(diǎn)，極高的集成密度，從而獲得極高的檢測(cè)篩選速度，在高通量篩選時(shí)可顯著降低成本。

應(yīng)用^[7][8]

SNP檢測(cè)服務(wù)可用于疾病診斷和疾病易感基因的鑒別,藥物基因組學(xué)研究和新藥篩選,藥物代謝和藥物遺傳學(xué)。

單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）是廣泛分布于人類基因組中的穩(wěn)定的多態(tài)性位點(diǎn)，能夠較好的反映個(gè)體遺傳背景、鑒別患者之間的個(gè)體差異，并可實(shí)現(xiàn)快速化、自動(dòng)化、規(guī)?；瘷z測(cè)，在腫瘤的預(yù)后評(píng)估方面具有廣闊的應(yīng)用前景。樣本檢測(cè)這26個(gè)SNPs的基因型，結(jié)果顯示5個(gè)染色體區(qū)域（15q13.3、11q23.1、20p12.3、18q21.1和8q24.21）共計(jì)9個(gè)SNPs與接受基于5-FU化療的結(jié)直腸癌患者預(yù)后顯著相關(guān)。

其中：1個(gè)SNP：rs10318（15q13.3）與II期結(jié)直腸癌的復(fù)發(fā)顯著相關(guān)；3個(gè)SNPs：rs10749971（11q23.1）、rs961253（20p12.3）和rs355527（20p12.3）III期大腸癌的復(fù)發(fā)顯著相關(guān)；5個(gè)SNPs：rs961253（20p12.3）、rs355527（20p12.3）、rs4464148（18q21.1)、rs6983267（8q24.21）和rs10505477（8q24.21）與III期大腸癌患者的生存率顯著相關(guān)。進(jìn)一步對(duì)這些顯著的SNPs進(jìn)行聯(lián)合分析，結(jié)果顯示這些SNPs的非有利基因型存在明顯的累積效應(yīng)。生存樹分析鑒定結(jié)果提示rs944343、rs2816312和rs1122794相互作用，并協(xié)同影響單純化療組患者的中位生存期，而放化療組中只有rs6429264對(duì)患者的中位生存期造成影響。

參考文獻(xiàn)

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[4]DNA Repair Gene Polymorphisms Predict Favorable Clinical Outcome in Advanced Non–Small-Cell Lung Cancer[J].Aristea Kalikaki,Maria Kanaki,Helen Vassalou,John Souglakos,Alexandra Voutsina,Vassilis Georgoulias,Dimitris Mavroudis.Clinical Lung Cancer.2009(2)

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