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染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區(qū)段。

ChIP-Seq的原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

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1．實驗流程（Solexa）

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1．測序
對客戶提供的ChIP樣品（如果有陰陽參啟動子區(qū)域或DNA序列的）進行定量檢測，檢測合格后進行測序文庫構建、DNA成簇（Cluster generation）擴增、高通量測序。

2．基本數據分析
數據產出統計：對測序結果進行圖像識別（Base calling），去除污染及接頭序列；統計結果包括：測定的序列（Reads）長度、Reads數量、數據產量。

3. 高級數據分析
標準高級數據分析內容包括：
（1）ChIP-Seq序列與參考序列比對；
（2）Peak calling：統計樣品Peak信息（峰檢測及計數、平均峰長度、峰長中位數）；
（3）統計樣品Uniquely mapped reads在基因上、基因間區(qū)的分布情況及覆蓋深度；
（4）給出每個樣品Peak關聯基因列表及GO功能注釋；
（5）在多個樣品間，對與Peak關聯基因做差異分析。

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由于ChIP-Seq的數據是DNA測序的結果，為研究者提供了進一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：

（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾；
（2）檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位；
（3）研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系；
（4）CTCF轉錄因子研究。

案例分析

圖1 小鼠C2C12細胞ChIP-Seq結果（A）Igf2基因內含子QTN位點ChIP-Seq Peak分布

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圖2 小鼠C2C12細胞ChIP-Seq結果（E）Gen Ontology分類

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圖3 小鼠C2C12細胞ChIP-Seq結果（F）ZBED6蛋白結合的轉錄因子家族