? ? ? ?染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是在體內(nèi)環(huán)境中研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典實驗方法，廣泛應用于組蛋白修飾、特定轉(zhuǎn)錄因子的基因調(diào)控作用等相關領域。隨著新一代測序技術的發(fā)展和成熟，染色質(zhì)免疫沉淀實驗與高通量測序的整合——ChIP-seq，可在全基因組范圍對蛋白結(jié)合位點進行高效而準確的篩選與鑒定，同時也為研究的深入開展打下基礎。
?? ? ??采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后，分離與其結(jié)合的基因組DNA片段，再通過高通量測序與數(shù)據(jù)分析，在全基因組范圍內(nèi)尋找目的蛋白的DNA結(jié)合位點，并且可以基于多個樣品進行差異比較。

1、實驗方案
? ? ? 測序策略：Illumina NextSeq 500 ?SE50
? ? ? 數(shù)據(jù)量：20M clean reads

2、數(shù)據(jù)分析
2.1 標準信息分析
（1）與參考序列比對
（2）Peak分析
（3）Peak在基因功能元件上的分布
（4）Peak相關基因分析
（5）Peak相關基因的GO功能顯著性富集分析
（6）Peak相關基因的Pathway功能顯著性富集分析
（7）鑒定樣品間差異Peak
（8）樣品間差異Peak的基因功能元件分布
（9）樣品間差異Peak相關基因分析
（10）樣品間差異Peak相關基因的GO功能顯著性富集分析
（11）樣品間差異Peak相關基因的Pathway功能顯著性富集分析
（12）motif結(jié)構(gòu)域預測

3、技術流程


4、案例分析
? ? ? ?案例（1）FOXO轉(zhuǎn)錄因子作用位點特征
? ? ? ?FOXO轉(zhuǎn)錄因子（FOXO）是控制物種壽命的中心調(diào)控因子，但是FOXO執(zhí)行特定的細胞功能，包括成人干細胞內(nèi)穩(wěn)和免疫功能。FOXO直接作用的靶點已經(jīng)在若干物種和細胞類型中鑒定得到。用meta分析從組織到生物體，以及哺乳動物，秀麗線蟲和果蠅的FOXO靶向位點的數(shù)據(jù)。結(jié)果表明，F(xiàn)OXO作用的特定細胞是與細胞特定功能的相關的。而且FOXO在脊椎動物和無脊椎動物中存在相同保守區(qū)域的作用位點。這些與生物生長，新陳代謝，抗壓力，蛋白質(zhì)平衡相關的保守區(qū)域的結(jié)合位點表明，這些生物可能擁有同一個祖先。
? ? ? ?案例（2）?肝受體X和PPARG在癌細胞增殖不同調(diào)控機制的定義
? ? ? ?肝受體X（LXRs，NR1H2，NR1H3）和PPAGR在HT29大腸癌細胞的信號進行全面的，全基因組的以及各個發(fā)展階段的調(diào)控。PPAGR能夠產(chǎn)生快速的短期的回應，并且對相應的基因進行活化。相對應的，肝受體X產(chǎn)生長期持久的激活功能，抑制基因活化，提供了LXR和PPARG活化來調(diào)控癌癥細胞的生長代謝的過程圖，為癌癥靶點治療指明了方向。

參考文獻
[1] Webb?et al.?Characterization of the direct targets of FOXO transcription factors throughout evolution.?Aging Cell,?2016.
[2] Savic?et al. Distinct gene regulatory programs define the inhibitory effects of liver X receptors and PPARG on cancer cell proliferation.?Genome Medicine,?2016.