新抗原是在正常組織中不存在的外來蛋白，但可以通過各種機制從腫瘤中產生，如基因組突變、異常轉錄變異體、翻譯后修飾和病毒開放閱讀框(圖1a)。這些抗原可由腫瘤細胞的主要組織相容性(MHC)分子遞呈。首先，新抗原由蛋白酶體介導的內源蛋白質分解產生突變多肽。隨后通過與抗原處理相關的轉運蛋白(Transporters associated with antigen processing，TAP)運輸到內質網(endoplasmic reticulum，ER)，在內質網中它們會被加載到MHC-I上。MHC-II二聚體被組裝并結合到內質網中的不變鏈(invariant chain，Ii)上。Ii-MHC-II復合體可以從細胞表面直接運輸或有時間接內化到MHCⅡ類區(qū)室(MHC-II compartment，MIIC)中，在MIIC 中Ii被一系列內體蛋白酶降解以用于與特定多肽（內體途徑中分解突變蛋白產生）結合。