三丁基焦磷酸銨是一種有機中間體，有文獻報道其可用于制備一種堿基修飾核苷酸。三丁基焦磷酸銨是一種磷酸化試劑，用于合成磷酸化脫氧核苷。在以下反應中用作反應物：3'-脫氧-apio-核酸雙鏈體的酶法合成脫氧核苷S-甲基膦酸的合成熒光非核苷酸ATP類似物N-甲基鄰氨基苯甲酰胺乙基三磷酸酯的制備由于其含水量低且在有機溶劑中的溶解度高，因此可用于三磷酸鹽合成。制備焦磷酸四鈉鹽(26.6g，0.1mol)溶解于去離子水(500mL)中，該水溶液通過強離子交換柱(pk216質(zhì)子型)，合并含有焦磷酸的流分，用正三丁胺(37.1g，0.2mol)成鹽，旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀將上述洗脫液濃縮成油狀物。該油狀物經(jīng)1,4-二氧六環(huán)(100mL)帶水，重復帶水3次，得油狀物三丁基焦磷酸銨(定量)。